Sim, é pacífico o entendimento no Poder Judiciário, em especial no Superior Tribunal de Justiça (REsp nº 1.355.812/RS) a respeito da possibilidade de a matriz da empresa responder por dívidas tributárias da filial, e vice-versa.

Segundo a posição jurisprudencial consolidada, a autonomia da filial, e da matriz, se aplica somente em relação à administração e operacionalização dos negócios e atividades realizadas por cada uma das empresas, não se aplicando, portanto, às questões jurídico-administrativas da filial face à matriz e da matriz face à filial para efeito de sancionamento em processo administrativo-fiscal e para fins de cumprimento obrigação tributária, penhoras, etc..

Embora possuam CNPJs distintos, as filiais e a matriz são partes de uma mesma personalidade jurídica, com patrimônio único por força do princípio da unidade patrimonial da pessoa jurídica, mesmo que possam ter domicílios fiscais em lugares diferentes. Os CNPJs distintos têm a finalidade de mero controle administrativo tributário da Receita Federal e permitem tão somente  autonomia administrativa e operacional para fins fiscalizatórios.